Vyskupas, pasipriešinimo sovietiniam okupaciniam režimui dalyvis, „Lietuvos katalikų bažnyčios kronikos“ bendradarbis, platintojas.
Gimė 1938 06 06 Trajoniškyje (Pasvalio r.).
1945–1949 m. mokėsi Suntautų pradinėje mokykloje, 1949–1952 m. Krinčino septynmetėje, 1953–1954 m. Pasvalio vidurinėje mokykloje. 1954–1958 m. mokėsi Panevėžio hidromelioracijos technikume. 1964–1968 m. neakivaizdiniu būdu studijavo vokiečių kalbą Maskvos aukštuosiuose užsienio kalbų kursuose. 1964–1968 m. Vilniaus universitete studijavo lietuvių kalbą ir literatūrą.
Nuo 1959 m. bandydavo stoti į Kauno tarpdiecezinę kunigų seminariją, tačiau sovietų valdžia uždrausdavo jį priimti. Į seminariją pagaliau priimtas 1972 m., 1977 05 22 Kauno arkikatedroje įšventintas kunigu.
1958–1959 m. dirbo Tauragės melioracijos mašinų stotyje techniku, 1959–1963 m. Alytaus melioracijos statybos valdyboje darbų vykdytoju, 1963–1972 m. Sausinimo sistemų valdyboje vyr. inžinieriumi.
1977–1983 m. – Telšių katedros vikaras, vėliau (1984–1990) Skaudvilės ir Adakavo klebonas. Monsinjoras (1993). 1990–2000 m. – Telšių kunigų seminarijos vicerektorius ir dėstytojas. Nuo 1993 m. – seminarijos, nuo 1994 m. – Telšių ateitininkų dvasios vadas, nuo 2000 m. – Ateitininkų federacijos dvasios tėvas. 2000–2002 m. – Telšių vyskupas augziliaras. 2002 01 5 popiežius Jonas Paulius II vyskupą J. Kaunecką paskyrė Panevėžio vyskupu, ingresas į Panevėžio katedrą vyko 2002 02 17. Nuo 2013 08 10 – Panevėžio vyskupas emeritas. 2002–2005 m. – Lietuvos vyskupų konferencijos Nuolatinės tarybos narys, Lietuvos vyskupų konferencijos Pasauliečių apaštalavimo tarybos pirmininkas. 2011 m. trejų metų kadencijai išrinktas „Iustitia et Pax“ komiteto pirmininku, 2014 m. perrinktas šioms pareigoms dar vienai kadencijai.
1970–1989 m. bendradarbiavo „Lietuvos katalikų bažnyčios kronikoje“, pogrindiniuose leidiniuose „Alma Mater“, „Aušra“, „Dievas ir Tėvynė“, „Rūpintojėlis“, daugino ir platino katalikiško ir patriotinio turinio literatūrą, įsteigė pogrindinį laikraštį jaunimui „Lietuvos ateitis“ (1978 m. Telšiuose, suredagavo 3 jo numerius). Studijuodamas Kauno kunigų seminarijoje organizavo nelegalios spaudos platinimą tarp seminarijos klierikų. 1971 m. rinko parašus Lietuvos Romos katalikų memorandumui, reikalaujančiam Lietuvoje tikėjimo laisvės. Iš 17000 parašų asmeniškai surinko 3500. 1978–1984 m. Tikinčiųjų teisėms ginti katalikų komiteto vienas iš steigėjų, narys, sekretorius. 1977–1989 m. parašė ir išsiuntinėjo sovietų valdžios įstaigoms 53 protestus dėl tikinčiųjų teisių pažeidimų. 1977–1989 m. buvo pogrindinės jaunimo organizacijos „Eucharistijos bičiuliai“ vadovas Telšių vyskupijoje. 1977–1984 m. Telšiuose platino rusišką pogrindinį leidinį „Chronika tekuščich sobytij“. 1984–1989 m. platino pogrindžio leidinius bei literatūrą Skaudvilėje. 1978–1989 m. vykdavo į misijines keliones pas Sibiro katalikus vokiečius.
Krekenavos bazilikos šventoriuje vyskupo J. Kaunecko iniciatyva ir lėšomis pastatyta skulptūra kunigo ir vieno iš 1863–1864 m. sukilimo vadų Antano Mackevičiaus atminimui.
J. Kauneckas – aktyvus blaivybės sąjūdžio veiklų dalyvis. Už blaivybę skatinančius pamokslus bei visuomeninę veiklą 2003 m. pelnė Nacionalinės žalingų įpročių prevencijos tarybos Vyskupo Motiejaus Valančiaus literatūrinio konkurso blaivybės tema laureato diplomą.
Įvertinimas
Vyčio Kryžiaus ordinas (1998).
Lietuvos nepriklausomybės medalis (2000).
Telšių miesto garbės pilietis (2003).
Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centro Laisvės kovų dalyvio pažymėjimas (2004).
Metų panevėžietis sveikatos, socialinės ir aplinkos apsaugos srityje (2004).
Pasvalio krašto garbės pilietis (2008).
Lietuvos Respublikos Seimo Gabrielės Petkevičaitės-Bitės atminimo medalis „Tarnaukite Lietuvai“ – už pilietinę iniciatyvą valstybės stiprinimo labui (2014).
Panevėžio rajono garbės pilietis (2018).
Nuotraukoje vyskupas Jonas Kauneckas. Prieiga internete: https://www.pozicija.org/panevezio-vyskupas-emeritas-jonas-kauneckas-valdantieji-tarsi-tycia-erzina-lietuvos-zmones/
Svarbesnė literatūra apie J. Kaunecką:
- Ivinskienė, Jurgita. JE vyskupui Jonui Kauneckui – Telšių miesto garbės piliečio vardas. Iliustr. // Ūkininko patarėjas. 2003, spal. 2, p. 4.
- Kauneckas Jonas. Iliustr. // 1990–2015 m. Lietuvos pasiekimai. Kaunas : Leidybos idėjų centras, 2015. D. 2. P. 580.
- Kauneckas Jonas, vyskupas, Panevėžio vyskupas emeritas. Portr. // Kas yra kas Lietuvoje, 2018. Kaunas : Leidybos studija, [2018]. P. 748.
- Kauneckas Jonas. Portr. // Lietuva. Vilnius : Mokslo ir enciklopedijų leidybos institutas. T. 3 (2012), p. 267–268.
- Vyskupas Jonas Kauneckas: „Dievas buvo atkaklus, šaukdamas į kunigystę“ : [pokalbis] / kalbėjosi Bronius Vertelka. Persp. iš: XXI amžius. 2008 06 06 // Lietuvos katalikų bažnyčios kronika. Prieiga internete: https://lkbkronika.lt/index.php/bernardinai-lt/3660-vyskupas-jonas-kauneckas-dievas-buvo-atkaklus-saukdamas-i-kunigyste
- Petrauskienė, Virginija. Veiklus Panevėžio vyskupas ilsisi mindamas dviračio pedalus. Nuotr. // Lietuvos rytas. 2002, gruod. 7, priedas „Gyvenimo būdas“, p. 5.