Dėl sovietų valdžios represijų prieš vyskupus nuo 1947 m. vasaros Kazimieras Paltarokas liko vienintelis vyskupas visoje Lietuvoje. Taip daugiau nei po dešimties metų pertraukos jis vėl atsidūrė Lietuvos Katalikų Bažnyčios gyvenimo įvykių centre. Tuo metu buvo iškilusi reali grėsmė, kad, atsisakant daryti nuolaidas valdžios reikalavimams, Lietuvoje gali nebelikti nė vieno vyskupo, o tai būtų labai sukomplikavę Bažnyčios veiklą. Tokiomis aplinkybėmis K. Paltarokas ragino ieškoti kompromiso su sovietų valdžia, darant nuolaidas antraeiliais, neprincipiniais klausimais, tačiau tvirtai laikantis Bažnyčios dogmų ir kanonų esminiais klausimais.

Siekdami labiau kontroliuoti vyskupo K. Paltaroko veiklą ir sumažinti jo autoritetą, 1949 m. vasarą sovietų valdžios atstovai ėmė daryti spaudimą, kad jis perimtų Vilniaus arkivyskupijos valdymą ir persikeltų į Vilnių. Priverstas nusileisti režimo valiai, vyskupas pradėjo paskutinį, bene sunkiausią savo gyvenime išbandymų etapą. Jo bute ir kurijos patalpose buvo įrengta slaptojo klausymosi aparatūra ir daugiau nei dešimt sovietų saugumo informatorių fiksavo vos ne kiekvieną vyskupo ištartą žodį. Atsidūręs daug nepalankesnėse sąlygose, K. Paltarokas ir toliau gebėjo išlaikyti pusiausvyrą tarp nuolaidų sovietų valdžiai darymo ir Bažnyčios gyvybės palaikymo pastangų. Jis nuolat vedė derybas su valdžios atstovais dėl ištremtų vyskupų sugrąžinimo, dėl bažnyčių, kuriose nebuvo registruojami kunigai tolesnio likimo ir kitais tuo metu aktualiais klausimais.

Nuo 1950 m. antibažnytinė politika kiek sušvelnėjo, kadangi buvo numatyta panaudoti Lietuvos Katalikų Bažnyčios hierarchus sovietinėse propagandos kampanijose, pridengtose taikos šalininkų judėjimo vardu. K. Paltarokas ne kartą dalyvavo taikos šalininkų konferencijose ir čia stengėsi būti atsargus bei remtis esminiais krikščioniškojo mokymo principais.

6-ojo dešimtmečio pradžioje K. Paltarokui teko išspręsti dar vieną itin opią problemą. Jam, kaip aktyviam Šv. Kazimiero kulto propaguotojui, didelį nerimą kėlė šio šventojo relikvijų likimas uždarytoje Vilniaus arkikatedroje. Iš pradžių jis iškėlė idėją padaryti atskirą įėjimą į Šv. Kazimiero koplyčią, kad ten būtų galima atlikti religines apeigas ir kad ten būtų paliktos relikvijos. Kai tokiam planui nebuvo pritarta, vyskupui pavyko gauti leidimą perkelti Šv. Kazimiero relikvijas iš arkikatedros į Šv. Petro ir Povilo bažnyčią. 1952 m. spalio 9 d. relikvijas savo automobiliu pervežė pats vyskupas. Vilniuje K. Paltarokas parengė knygos „Karalaitis šventasis Kazimieras“ rankraštį.

Ganytojo žemiškojo gyvenimo saulėlydį temdė ne tik įtampa Bažnyčios viduje, bet ir vis labiau stiprinamas jo veiksmų sekimas. 1955 m. rudenį buvo numatyta įrengti slaptojo klausymosi aparatūra net vyskupo miegamajame, kur dėl sunkios sveikatos būklės paskutiniais metais jis priimdavo daugelį interesantų.

Vyskupo sveikata iš tikrųjų vis silpnėjo ir nuo 1957 m. vidurio jis jau aktyviai nebedalyvavo valdomų vyskupijų ir Bažnyčios gyvenime. 1957 m. gruodžio 17 d. Vilniaus kuriją pasiekė laiškas iš Vatikano, kur buvo pranešta, kad vyskupas Julijonas Steponavičius skiriamas K. Paltaroko įpėdiniu. Šv. Sosto įsikišimas buvo atliktas labai laiku, nes po dviejų savaičių, 1958 m. sausio 3 d., vyskupas K. Paltarokas mirė.

Šaltinis: STREIKUS, Arūnas. Diplomatiškas vyskupo aktyvumas. Gyvenimo bruožai. Vilnius, 2005, p. 19–26